El Obispado de Cuenca se erigió por decreto pontificio de 16 de enero de 1769, confirmado por el Rey Carlos III, el 13 de junio de 1773. El primer Obispo fue Monseñor José Carrión y Marfil, quien dirigió la sede desde 1786 hasta 1799. Le sucedieron doce obispos en la sede episcopal de Cuenca. El Obispado de Cuenca ejerció fuerte influjo en la vida regional y nacional durante la época independentista y republicana.
El Obispado de Cuenca desplegó una labor fundamental en la formación del clero diocesano, a través del Colegio Real y Seminario Conciliar San Luis, instituido por Fernando VII en 1813, para la educación de los seminaristas, bajo la disciplina del Concilio de Trento. Dicho establecimiento fue galardonado, en 1815, con escudo de armas, por ser colegio real. En 1818, el Obispo José Ignacio Cortázar inauguró los cursos del seminario menor y mayor, con una capacidad de 50 alumnos, en el antiguo edificio de propiedad de los jesuitas; a la vez, también erigió un seminario en Guayaquil.
En el siglo XIX, este colegio-seminario fue el centro de educación más importante de la región, donde se formaron los intelectuales más relevantes de la cultura comarcana. Los exponentes más altos de la ciencia y literatura regional han sido los miembros del clero y los alumnos educados en este establecimiento de formación. La cultura de Cuenca tiene una fundamentación clásica impuesta por la capacitación humanística recibida en las instituciones educativas regidas por la Iglesia.
El 12 de abril de 1957, al conmemorarse cuatrocientos años de la fundación de Cuenca, el Papa Pío XII, con el apoyo del presidente del Ecuador, Dr. Camilo Ponce Enríquez, elevó al obispado de Cuenca a la categoría de arzobispado, incluyendo en su jurisdicción como sufragáneas a las diócesis de Loja, Azogues y Machala. El primer arzobispo fue Mons. Manuel de Jesús Serrano Abad, seguido por los arzobispos: Mons. Ernesto Álvarez Álvarez, SDB; Mons. Luis Alberto Luna Tobar, OCD; Mons. Vicente Rodrigo Cisneros Durán; Mons. Luis Gerardo Cabrera Herrera OFM, a quien, por la gracia de Dios y voluntad del Papa Francisco, he sucedido en este servicio pastoral desde el 2016.
La elevación de la Iglesia de Cuenca a la categoría de arzobispado reconoce el valor histórico de la vida institucional de la Iglesia en el contexto regional del Austro del Ecuador, donde ha desarrollado una particular forma de vida espiritual y moral. La historia regional del Arzobispado de Cuenca mantiene estrecha relación con la vida material y religiosa de las jurisdicciones que componen nuestra provincia eclesiástica. El próximo año, Dios mediante, celebraremos los 70 años de creación de nuestra arquidiócesis, la segunda sede metropolitana en el Ecuador.
Demos gracias al Señor por esta designación que llenó de alegría a nuestro pueblo. Debemos prepararnos para celebrar su aniversario con inmenso fervor, recordando a tantos hombres y mujeres que hicieron de nuestra Iglesia un árbol frondoso que ha dado grandes santos misioneros, pastores, religiosos y laicos, que han enriquecido la viña del Señor.